Po skoku oraz okresie aklimatyzacji cichociemny rozpoczynał swoją pracę w Kraju. Jeszcze za granicą był szkolony do wykonywanych tutaj zadań. W związku ze swoimi umiejętnościami skoczek przydzielany był do odpowiedniej służby.
"Wachlarz"
Skoczkowie przysposobieni w dywersji stawiali pierwsze kroki w dopiero wychodzącym w pole "Wachlarzu". Do "Wachlarza" przydzielono 27 cichociemnych, jednak tylko 26 zgłosiło się do służby, pierwszym z nich był kpt. Alfred Paczkowski, ps. "Wania". Cichociemnym, który nie wykonał rozkazu i nie stawił się do służby w Wachlarzu był por. Leonard Zub-Zdanowicz, ps. "Dor". "Dor" po kuracji złamanej nogi wyjechał na II Odcinek, jednak w czasie drogi przeszedł do NSZ. Do dziś sprawa budzi wiele kontrowersji i nie została do końca wyjaśniona.
Kedyw, partyzantka
Cichociemni-dywersanci z pierwszych zrzutów kierowani byli nie tylko do wachlarza, ale również do innych organizacji pilnie potrzebujących specjalistów. Były to "Związek Odwetu" oraz Organizacja Specjalnych Akcji Bojowych "Osa". Późną jesienią rozpoczął się proces scalania tych organizacji z "Wachlarzem", zakończony 22.I.1943 powołaniem Kierownictwa Dywersji, w skrócie Kedyw.
Cichociemni pełnili w nim role kierownicze (jak np. płk dypl. E. Fieldorf ps. "Nil"), szkoleniowe (jak np. por. "Zabawka").
Wywiad
Cichociemni przeszkoleni w specjalności wywiadowczej, jak się szybko okazało, byli szczególnie predestynowani do pełnienia funkcji organizatorów i inspektorów sieci wywiadu. Wnosili wiele fachowości do techniki pracy wywiadowczej w Kraju. Straty w 37 osobowej grupie przydzielonej do pracy w wywiadzie wynoszą 15 aresztowanych i zabitych, co stanowi około 40 %, świadczą o zaciętości, z jaką tropiło ich Gestapo i Abwehra. Kierowani byli przede wszystkim do Wywiadu Ofensywnego Oddziału II KG AK, na różne stanowiska dowódcze w centrali oraz w terenie.
Legalizacja
Do zadań legalizacyjnych przysposobiono trzech cichociemnych. Po skoku skierowano ich do Wydziału Techniczno-Legalizacyjnego Oddziału I KG AK o kryptonimach "Park"-"Leta"-"Izba". Zajmował się on zaopatrywaniem w nielegalne dokumenty wszystkie komórki KG z wyjątkiem Oddziału II, dla którego pracowała komórka legalizacyjna por. Stanisława Jankowskiego ("Burka").
Lotnictwo podziemia
Przed zmianą koncepcji z powszechnego powstania na plan "Burza", uwzględniano wybuch powstania w czasie wycofywania się jednostek niemieckich. Zakładano, że w Kraju lądować będą samoloty transportowe oraz odbycie desantów spadochroniarskich. Potrzebni byli technicy mogący ocenić stan lądowisk w Kraju oraz poczynić odpowiednie przygotowania. Zaangażowano w to 20 Cichociemnych. Ich wysiłek nie został całkowicie wykorzystany z powodu zmiany planów.
Łączność radiowa
Ulegająca systematycznej rozbudowie sieć łączności AK, wymagała napływu dobrze przygotowanych technicznie fachowców- organizatorów, radiołączności oraz radiotelegrafistów. Od wiosny 1943 r. starano się przerzucić do Kraju jak najwięcej cichociemnych o danych specjalnościach, jednak żądań ilościowych komendanta AK nie spełniono nigdy. Pracowali na sprzęcie zrzutowym, krajowym, oraz wyprodukowanym w konspiracji. Ciągle tropieni byli przez niemiecki podsłuch. Aresztowano i zabito 11 cichociemnych-radiowców, czyli ok. 25-30% z całej grupy. Przy pracy zaskoczono tylko 3.
Pancerniacy
Skoczkowie przeszkoleni w obsłudze niemieckiego, zdobytego sprzętu pancernego, mieli stanowić kadrę dowódczą jednostek pancernych odtwarzanych po wybuchu powstania powszechnego. Do tego nie doszło. Ponieważ często ich drugą specjalnością była dywersja, kierowano ich do Kedywu lub do lasu. Jeszcze inni walczyli w Powstaniu Warszawskim.
Sztaby
Wyszkolono pewna grupę skoczków przeznaczoną do pracy w konspiracyjnych sztabach. Przed odlotem ukończyli kursy Wyższej Szkoły Wojennej i odbyli niezbędne praktyki. Kierowano ich zgodnie z przeznaczeniem do pracy w sztabach KG AK, obszarów lub okręgów. Prócz nich pracę w sztabach znaleźli specjaliści w innych dziedzinach wojskowych, jak np. pancerniacy, saperzy, lotnicy, a nawet jeden lekarz. W zależności od potrzeb byli kierowani na inne stanowiska, jak np. inspektoratów rejonowych, obwodów czy rejonów.
Powstanie Warszawskie
1.VIII 1944 w okolicach Warszawy i Puszczy Kampinoskiej przebywała prawie setka Cichociemnych. Część miała tutaj przydziały, część dopiero na nie czekała, a inni przyjechali tutaj służbowo. Oprócz tego zameldowały się dwie pełne dopiero, co przybyłe ekipy.
Powstanie Warszawskie znaczną część tych ludzi zaskoczyło i nie wszyscy dostali przydziały zgodne ze swoimi kwalifikacjami wojskowymi. Dlatego w połowie sierpnia w Powstaniu walczyli generał z bronią w ręku na pierwszej linii i kapitan, który zamiast dowodzić baonem, poluje na czołgi w Alejach Ujazdowskich, czy porucznika idącego z miotaczem płomieni na bunkier sejmowy. Stopniowo sprawy te uregulowano. Skoczkowie walczący w Powstaniu Warszawskim, wnieśli weń swój niemały wkład.