21. czerwca 1940 r. generałowie Sikorski i Sosnkowski w samolocie opuścili Francję i wylądowali w Londynie, a już w osiem dni później, 29.VI został utworzony przy Sztabie Naczelnego Wodza jego Oddział VI. Inaczej Samodzielny Wydział Krajowy, później przemianowany na Oddział Specjalny.

Oddział VI początkowo podlegał gen. Sosnkowskiemu. Jednak po rezygnacji z udziału w rządzie i po odsunięciu go od kierowania z ramienia NW konspiracyjną pracą wojskową w Kraju, Naczelny Wódz podporządkował oddział szefowi Sztabu Naczelnego Wodza gen. Klimeckiemu. Po katastrofie lotniczej na Gibraltarze, w której zginęli generałowie Sikorski i Klimecki, szefem Sztabu został gen. Stanisław Kopański. Od tej pory Oddział VI znajdował się w jego gestii. Od 22.V 1944 do końca wojny Oddział podlegał zastępcy szefa Sztabu Naczelnego Wodza do spraw krajowych. Stanowisko to objął gen. Stanisław Tatar, przerzucony z Polski podczas operacji lotniczej "Most Nr 1"

Niewdając się w niuanse różnych okresów dowodzenia zadania Oddziału VI można przedstawić, jak poniżej:

• Był przede wszystkim instytucją łącznikową Naczelnego Wodza z Komendantem Głównym AK. Z tej racji zobowiązany był utrzymywać stałą łączność radiową i kurierską z Polską.
• Musiał wspierać zamierzone akcje KG AK lub nakazanych jej przez Naczelnego Wodza. Z tego powodu musiał utrzymywać łączność lotniczą z Krajem i tą drogą dosyłać przeszkolonych cichociemnych, środki finansowe, środki walki.
• Był zobowiązany do wspomagania czynników cywilnych w łączności z Delegaturą Rządu na Kraj. W tym celu musiał szkolić emisariuszy i kurierów politycznych, a następnie przerzucić ich do Kraju wraz z materiałami propagandowymi i pieniędzmi z budżetu cywilnego.
• Współpracował z pozostałymi oddziałami Sztabu NW we wszystkich zagadnieniach dotyczących AK, a także z SOE.
• Pośredniczył pomiędzy KG AK, a rozgłośnią BBC przy nadawaniu haseł radiowych dla komórek i oddziałów zarówno w terenia jak i w obozach jenieckich.
• Administrował funduszami przeznaczonymi dla AK.

Wszystkie rozkazy i zapotrzebowania, jakie nadchodziły z KG AK szef Oddziału VI przyjmował za obowiązujące, oczywiście w miarę posiadanych środków jakimi dysponował. Niebawem wytworzyła się szczególna sytuacja, akceptowana przez wszystkie komórki sztabu. Oddział VI zaczął być traktowany, jako część składowa Armii Krajowej, a szef oddziału jako rzecznik jej Komendy Głównej. Wszyscy pracownicy oddziału składali przysięgę na Rotę Armii Krajowej.

Szefami Oddziału VI byli kolejno:

• płk. dypl. Józef Smoleński - VI.1940-15.XII.1941
• ppłk. dypl. Tadeusz Rudnicki - 15.XII.1941-27.III.1942
• ppłk. dypl. Michał Protasewicz - 27.III.1942-10.VII.1944
• ppłk. dypl. Marian Utnik - 10.VII.1944- zakończenie działalności oddziału w 1945 r.

W ciągu czterech lat od 1940 Oddział VI rozwinął się z niewielkiej komórki o stanie 9 oficerów i 4 urzędników cywilnych w ośmiowydziałowy organizm, dysponujący jednostkami terenowymi. W czasie organizowania oddziału nie dysponowano własnymi wzorami lub takimi, które można by zaczerpnąć z doświadczeń sztabów innych państw. Dużo więc musiano improwizować, po części oparto się na strukturach znanych z pracy wywiadu.
W okresie początkowym oddział był niepodzielną komórka sztabową. Szkoleniem, przygotowaniem i ekspedycją kurierów zajmował się kpt. dypl. sap. Jan Jaźwiński, któremu wkrótce zaczęli pomagać rtm. Jerzy Szymański zajmujący się szkoleniem skoczków oraz por. Zygmunt Oranowski od spraw zaopatrzeniowych.
Mjr. Józef Kwieciński prowadził sprawy personalne centrali, baz i kurierów. Obowiązki skarbnika pełnił ppłk. int. Franciszek Prochaska.
Od kwietnia 1942 r. kiedy nowym szefem oddziału został ppłk. dypl. Protasewicz, Oddział VI zaczął rozwijać się energicznie. Podstawowymi komórkami oddziału były wydziały.

Wydział specjalny (S)
Wydział S zajmował się całokształtem spraw związanych z lotniczymi operacjami przerzutowymi, a oprócz tego zajmował się uzyskiwaniem i kompletowaniem w zestawy sprzętu wysyłanego AK.
Pierwszym szefem tego wydziału był ppłk dypl. Edward Ulanicki. Od 4 maja 1942 na czele Wydziału S stanął mjr. dypl. Jan Jaźwiński, a po nim w styczniu 1944 kpt. dypl. Jan Podoski. Wydział S podzielony był na dwa referaty. Pierwszy S1 był referatem operacyjnym , drugi S2 materiałowym.

Wydział Łączności (Ł)
Zadaniem Wydziału Ł było organizowanie łączności radiowej z Krajem, nadzór nad szkoleniem specjalistów przygotowanych dla AK i na własne potrzeby wydziału w dziedzinie radiołączności. Jego zadaniem był również zakup i produkcja sprzętu łączności, planowanie korespondencji sieci radiowej Oddziału VI, a przede wszystkim bieżąca korespondencja z AK. Wydział współpracował z Oddziałem Radio Sztabu Naczelnego Wodza, Ośrodkiem Wyszkolenia w Polmont i Polskimi Wojskowymi Warsztatami Radiowymi.
Wydziałem kolejno kierowali: kpt. dypl. inż. Tadeusz Lisicki, ppłk. dypl. Tadeusz Rola i mjr dypl. Adam Szanser.

Wydział łączności lądowej (A)
Zadaniem Wydziału A było utrzymywanie łączności lądowej z Polską oraz całokształt spraw związanych z bazami i placówkami łączności oraz ruchem kurierskim.
Wydziałem kierowali kolejno: mjr dypl. Antoni Szczerbo-Rawicz, kpt. dypl. Jan Krzyżanowski i mjr Edward Fryzendorf.

Wydział wyszkoleniowy (W)
Wydział zajmował się całokształtem spraw związanych z rekrutacją i wyszkoleniem cichociemnych według zapotrzebowań KG AK.
Wydziałem W kierowali kolejno: mjr dypl. Marian Utnik, mjr dypl. Marian Tonn, mjr dypl. Jan Kamieński, mjr Józef Hartman i ppłk Bronisław Brągiel.

Wydział Finansowy (F)
Wydział zajmował się załatwianiem wszystkich spraw finansowych i gospodarczych Oddziału VI, podległych mu baz, placówek i ośrodków oraz prowadził zaopatrzenie finansowe AK. Wydziałem kierował ppłk int. Franciszek Prochaska.

Wydział personalno-organizacyjny(PO)
Wydział zajmował się całokształtem spraw personalnych wszystkich żołnierzy i pracowników cywilnych Oddziału VI, podległych mu baz, ośrodków, placówek oraz cichociemnych wysyłanych do Polski. Cichociemni przed odlotem pozostawiali w depozycie wydziału osobiste dokumenty, listy, odznaczenia itp.
Wydziałem kierował mjr Józef Kwieciński.

Wydział Szyfrów (Sz)
Wydział zajmował się szyfrowaniem i deszyfrowaniem korespondencji pomiędzy Sztabem Naczelnego Wodza i KG AK.
Kierownikem wydziału był por. Stefan Jagiełło.

Wydział operacyjny (O)
Wydział powstał w 1944 roku i nie odegrał już żadnej roli.
Kierownikiem wydziału był przerzucony z Polski w operacji lotniczej "Most Nr 2" mjr Zbigniew Sujkowski ps. "Leliwa".

Samodzielny referat propagandowo-informacyjny
Referat zajmował się informacją prasową Komendanta Głównego AK, typowaniem i wysyłaniem najpilniejszych materiałów propagandowych do Kraju oraz akcja propagandowo-inforamcyjna na podstawie materiałów nadesłanych z Polski.
Referatem kierowali kolejno: mjr dypl. Władysław Dziewanowski, przybyły z Kraju jako emisariusz KG AK rtm. Andrzej Lipkowski.

Ponadto w Oddziale VI powołano stanowisko oficera bezpieczeństwa.

Oddział VI w terenie dysponował:

• Główną Bazą Przerzutową
• stacjami wyczekiwania dla skoczków lecących do Kraju
• komórkami organizacyjnymi kursów wyszkoleniowych dla cichociemnych
• bazami i placówkami łączności lądowej

Pracę Oddziału VI najlepiej zilustrują statystyki dotyczące liczby przeszkolonych skoczków, wysłanego sprzętu i sumy zrzuconych pieniędzy.
W wyniku prowadzonej przez oddział rekrutacji zgłosiło się do pracy w kraju:

• 1 generał
• 112 oficerów sztabowych
• 894 oficerów młodszych
• 592 podoficerów
• 771 szeregowych
• 15 kobiet
• 28 kurierów cywilnych

Razem było to 241 kandydatów. Z tej liczby 606 ukończyło pomyślnie szkolenie, a ostatecznie 579 uznanych zostało za gotowych do przerzutu. Do końca 1944 zrzucono do Kraju 316 cichociemnych oraz 28 cywilnych kurierów MSW. Oprócz tego zrzucono jednego skoczka węgierskiego "Huna" przeszkolonego przez Oddział VI.
Do Kraju wysłano w przybliżeniu 670 ton wyposażenia wojskowego, a więc broń i amunicje, materiały dywersyjne, sprzęt radiowy oraz bardzo zróżnicowane materiały specjalne, medyczne, umundurowanie itp.
Gromadzony przez pracowników oddziału sprzęt pochodził z trzech źródeł. Angielski sprzęt wojskowy był dostarczany przez sekcję polską SOE. Niemiecki i włoski sprzęt pobierano z magazynów z bronią zdobyczną. Prowadzono również zakupy rynkowe w Wielkiej Brytani, Szwecji, USA i Portugalii. Chodziło o ubrania i drobiazgi dla skoczków, lekarstwa i trucizny, sprzęt fotograficzny i optyczny oraz elementy i półfabrykaty radiowe dla Polskich Wojskowych Zakładów Radiowych, produkujących aparaturę, również dla potrzeb konspiracji.
Skoczkowie wysłani do kraju zabrali ze soba poważne środki finansowe przeznaczone dla Armii Krajowej: 26 299 375 $ w banknotach i złocie, 1755 funtów w złocie, 3 578 000 marek, 10 000 peset, 40 869 800 złotych okupacyjnych, tzw. młynarek (fałszowanych). Tą samą drogą Delegaturze Rządu z budżetu cywilnego: 8 593 788 $ w banknotach, 1644 funtów w złocie, 15 911 900 marek, 400 000 "młynarek".
Te niebagatelne sumy pochodziły z dotacji jakie otrzymywał Oddział VI. Według niepełnych danych zawartych w dokumentach oddziału pieniądze otrzymywał m.in. ze Skarbu Państwa, od Anglików oraz z Oddziału II na cele wywiadu.

Oddział VI silnie współpracował z brytyjskim Special Operations Executive- w skrócie SOE. SOE współpracowało z ruchem oporu we wszystkich okupowanych przez państwa Osi krajach. SOE z powodu swoich nie mieszczących się w instytucjonalnych ramach organizacji wojska, napotykało czasem na poważne trudności ze strony armii i lotnictwa. Było tak w grudniu 1942 roku, kiedy dyon 138. został pozbawiony możliwości lotów nad Polskę.
Pierwsza operacja lotnicza w nocy z 15 na 16 lutego 1941 roku, w której zrzucono do Polski cichociemnych, była jednocześnie pierwszą operacją SOE na kontynencie europejskim połączoną z desantowaniem spadochroniarzy.
W 1942 r. SOE uzyskało wyłączność od brytyjskiego rządu w sprawach pomocy dla Armii Krajowej. Pomoc dotyczyła wsparcia akcji sabotażowych, dywersyjnych oraz wywiadowczych. Sekcja polska SOE współpracowała ściśle z Oddziałem VI, a jej nie potwierdzone na piśmie obowiązki polegały na:

• organizowaniu lub współorganizowaniu, wraz z oddziałem szkolenia cichociemnych
• dostarczaniu sprzętu przeznaczonego dla Polski oraz na własne potrzeby oddziału
• zasilanie oddziału dotacjami na akcje w Polsce (np. na "Wachlarz") oraz na jego własne wydatki (np. na wyposażenie ośrodków wyszkoleniowych, na utrzymanie niektórych placówek łączności i inne)
• zapewnieniu samolotów do lotów nad Polskę w ramach uzgodnień z Air Ministry.

Sekcja polska SOE utrzymywała bliksie i konkretne kontakty z Oddziałem VI, ale nie ingerowała w jego sprawy wykonawcze. Zasady na jakich współpracował Oddział VI z SOE różniły się bardzo od praktykowanych w stosunkach z innymi krajami. Tylko Polacy dysponowali niezależną siecią radiową, zachowując prawo własnego kodu oraz własną służbę ekspedycji (Wydział S) i odbioru zrzutów ("Syrena"). Brytyjczycy nie nadzorowali działalności cichociemnych, nie znali nawet ich pseudonimów. Na obszarze działań Oddziału VI nie były prowadzone przez SOE gry z różnymi kierunkami politycznymi, jak to miało miejsce w Jugosławii czy Francji. Warto dodać, że oddział VI odkomenderował 17 przeszkolonych oficerów do zadań w SOE w różnych krajach Europy.
Z chwilą założenia Głównej Bazy Przerzutowej we Włoszech przy śródziemnomorski przedstawicielstwie SOE, SOM polska sekcja uruchomiła polską podsekcję.

W okresie likwidacji akcji przerzutowej pod koniec 1944 r., możliwości polskiej sekcji SOE były już bardzo ograniczone. Decyzje polityczne otrzymywała z Foreign Office, loty z Włoch były uzależnione od Air Ministry nie zaś od dowódcy lotnictwa śródziemnomorskiego teatru działań wojennych, a decyzje wojskowe od Komitetu Szefów Sztabów, w którym nie była reprezentowana.